从2005年第一个科研课题立项至今，研究所共计立项科研项目50项，获得科研经费5007.2万元。项目来源涉及国家重点研发计划，国家科技支撑计划、科技部软科学计划、质检公益专项、质检总局科研计划、认监委科技支撑专项、认监委短平快、其他部委、单位自立等多个渠道，其中包括国家级科研项目10项。在支撑行业发展、引导产业升级、提升技术能力和服务贸易便利化等方面发挥了巨大的作用。“十二五”期间，研究所还承担了“支撑认证认可的评价分析、检测验证和质量保证技术研究与示范”、“区域优势特色有机产品认证关键技术研究与示范”和“国际背景下我国行业碳排放核查综合技术研究与示范”等三项认证认可领域的国家科技支撑计划的技术集成工作，涉及项目资金共计8220万元，目前，三个项目已经全部通过科技部验收。

“十三五”期间，研究所集全所之力成功申报国家重点研发计划 “支撑‘一带一路’贸易便利化的认证认可关键技术研究与示范” 项目，作为质检总局国家质量基础（NQI）项目群的第一批启动的认证认可科研项目，已经于2016年正式启动，目前研究进展顺利，有望在支撑贸易便利化的关键认证认可技术上产生突破，为“一带一路”的贸易畅通提供技术支撑。